Аеропорт, офіційно названий на честь Нікоса Казандзакіса, є найбільшим на Криті. У літній сезон тут обслуговується безліч чартерних рейсів; решту року тут переважно здійснюються рейси з Афін та інших грецьких міст.

На перший погляд аеропорт Іракліона виглядає дещо застарілим, а його інфраструктура вже не відповідає вимогам сучасної експлуатації.

У 2017 році було прийнято остаточне рішення про будівництво нового, сучасного аеропорту; термін завершення робіт неодноразово відкладався, і зараз його відкриття очікується на межі 2026 та 2027 років.

Для подорожей на західну частину Криту аеропорт Ханья є прийнятною альтернативою.

З квітня по жовтень аеропорт обслуговує багато авіакомпаній з усієї Європи, здійснюючи як регулярні, так і чартерні рейси в усі куточки континенту.

Найширшу мережу маршрутів з Іракліона забезпечують такі авіакомпанії:

• Aegean Airlines: цілорічні рейси кілька разів на день до Афін + літні сезонні прямі рейси по всій Європі
• Sky Express: цілорічні рейси до Афін, Салонік та інших грецьких островів + сезонні прямі рейси по всій Європі влітку
• Jet2.com: найчастіші рейси до багатьох британських міст
• Eurowings: рейси до багатьох німецьких міст
• Volotea: прямі рейси до Афін, Італії та Франції
• TUI: широка мережа рейсів до Великої Британії, Нідерландів, Бельгії та Німеччини
• easyJet: рейси до кількох міст Великої Британії, Франції та Швейцарії
• Wizz Air: регулярні рейси до країн Східної Європи
• Ryanair: порівняно з іншими авіакомпаніями відносно обмежена кількість рейсів, наприклад, до Бергамо, Відня, Берліна чи Брюсселя